新婦側の友人席に男性ゲストが多いのはダメでしょうか？

新婦様は学生時代の環境で異性のご友人が多くなったという経緯ですので、不自然さはなく他のゲストの方も不思議に思われないかと思います。

もし、新婦様自身が気になるようでしたら、座席表に記載する肩書を「大学時代友人（理系の学部名等）」など説明文を入れてみてはいかがでしょうか。

ゲストの方は披露宴が始まるまでに、座席表を見てゲストの方と新郎新婦様の関係性を把握されますので、そこで理系の大学時代のご友人と判明すればその後気になることもないのではないでしょうか。

注意点としましては、あまり異性の男性ゲストを少人数にするのではなく、あえてグループで呼ぶ方が友人関係なんだとわかりやすいかもしれません。

少人数だと個人個人と深い付き合いではと詮索される方もいるかもしれません。それと、新郎様はもちろんですが、ご両家のご両親やご親族様にも事前に説明しておくといいかと思います。

特に新郎様ご両親やご親族様は、当日初対面のゲストばかりなので、新婦様ご友人に男性ゲストが多数いることに驚かれるかもしれません。

色々申しましたが、私自身の結婚式でも新郎の仕事柄、女性のゲストばかりでしたが、特に不思議がられることもありませんでした。

一生に一度の結婚式なので、新婦様が招待したいゲストなので、同性・異性関係なくご招待されてはいかがでしょうか。